Neuf commissions spécialisées travaillent au nom de la CMS qui soutiennent les communautés dans différents thèmes et assurent des tâches dépassant le cadre de la communauté locale. Les présidentes et présidents de ces commissions ainsi que leurs employés se retrouvent régulièrement afin de coordonner leur travail.
Comité d’Action et de Rencontre des Aînés
Le Comité d’Action et de Rencontre des Aînés (CARA) soutient les personnes dans l’organisation de leur vie dans l’âge et dans le débat relatif aux questions de fin de vie. De même il soutient les personnes qui sont actives dans le travail parmi les aînés. Pour les deux groupes visés, CARA organise des séminaires et d’autres rencontres, propose également des conseils et publie différentes brochures.
Commission des Archives
La commission des Archives s’occupe de la bibliothèque et des archives de l’histoire anabaptiste de la CMS ; il s’agit ainsi d’environ 1000 écrits, documents et objets de 450 ans d’histoire des anabaptistes : bibles du 16ème siècle, des décrets d’expulsions envers des anabaptistes, des actes sur les querelles avec les réformés, une lettre concernant la rupture avec les Amish et bien d’autres.
Commission de Jeunesse Mennonite Suisse
La Commission de Jeunesse Mennonite Suisse (CJMS), soutient et coordonne le travail parmi les enfants, les ados et la jeunesse des Eglises mennonites de Suisse. Elle organise des formations pour les responsables du travail parmi les enfants, ados et la jeunesse dans les Eglises ; elle offre chaque année environ 15 activités, en passant par les camps d’enfants au cours biblique des jeunes jusqu’au weekend de sport.
Pastorale Mennonite Romande et Pastoralforum Deutschschweiz
À la Pastorale Mennonite Romande (PMR) et au Pastoralforum Deutschschweiz se retrouvent des personnes chargées de tâches pastorales dans les églises CMS. Elles rédigent des directives bibliques, théologiques et éthiques communes et débattent à propos de questions d’églises. Les deux organes se réunissent au moins une fois par an pour une conférence bilingue.
Commission Foi et Vie
La Commission Foi et Vie prépare ces dialogues et accompagne les processus dans lesquels les communautés de la CMS travaillent sur des questions bibliques, théologiques et éthiques.
Services Missionnaires Mennonites
Les Services Missionnaires Mennonites (SMM) est l’œuvre d’entraide des mennonites suisses. Elle favorise la vision missionnaire globale, soutient les communautés et les personnes dans le service missionnaire et organise des actions d’entraide et des engagements en faveur des démunis et des régions en crise.
Forum Anabaptiste pour la Paix et la Justice
Le Forum Anabaptiste pour la Paix et la Justice (FAPJ) veut rendre audible la voix des Mennonites comme Eglise de paix ainsi que faire fructifier la théologie anabaptiste de la paix pour les communautés de la CMS.
